Снетогорский монастырь впервые упоминается в Псковских летописях под 1299 г. в связи с нападением ливонских рыцарей и гибелью игумена Иоасафа и братии. Некоторые исследователи считают, что обитель была создана незадолго до указанной даты в правление и при участии святого благоверного князя Довмонта Псковского. Строительство каменного собора Рождества Богородицы (1311 г.) и роспись его фресками (1313 г.), которые составляют гордость не только обители, но всей художественной школы древнего Пскова, косвенно свидетельствует о том, что с ХIV в. к Снетогорскому монастырю переходит первенство.
Возможно, это было связано с тем, что первый Спасо-Мирожский монастырь был основан новгородским архиепископом, а Снетогорский строился и украшался как главный духовный центр самостоятельной Земли Псковской.
Свое значение он сохранил после присоединения к Московской Руси (1510 г.), о чем свидетельствует строительство Никольской трапезной церкви (1519 г.), грандиозной церкви Вознесения-под-колоколы (1-й четв. ХVI в.). Последний храм после перестроек ХVIII в. превратился в Снетогорский столп высотой 63 м (плюс 23 м от основания до зеркала воды реки Великой), который мог соперничать с Иваном Великим в Москве.
Обитель пережила вражеские нашествия и разорения от польских войск в 1581 и 1612 гг. и от шведской армии Густава Адольфа в 1615 г.; крупные пожары в 1493 и 1824 гг.
Здесь подвизались святые прпп. Евфросин и Савва Крыпецкий; возрастал в меру возраста Христова один из патриархов святой Руси - Иоасаф. Псковские князья и многие из знатнейших псковских граждан принимали здесь постриг и кончину, делали крупные вклады на украшение обители.
В 1804 г. монастырь был упразднен и стал местом духовных подвигов Евгения Болохвитинова, архиепископа Псковского ( позднее - митрополита Киевского), автора трудов по истории России.
В 1825 г. монастырь посещал А.С.Пушкин.
В 20-30-е гг. ХХ столетия Снетогорский монастырь был разорен, его использовали как дом отдыха. Тогда же был разрушен Снетогорский столп.
С 1993 г., после возвращения Псковской Епархии, он возрождается как Рождества Богородицы Снетогорский женский монастырь.
